Zappa fu perennemente in bilico tra il rock, il jazz, il teatro dell'assurdo, la ricerca musicale più avanzata: sotto una scorza di apparente anarchia musicale vi sono evidenti influssi della musica classica tradizionale e contemporanea. Egli era un musicista autodidatta, affetto da una ossessiva creatività e da una simpatica smania di protagonismo, preparatissimo e serissimo.

In realtà il suo progetto musicale (che lui definiva il Progetto/Oggetto) consisteva nel dedicarsi al proselitismo fra i fricchettoni e i lunatici, per poi proporre la sua musica seria e complicata dissimulata dietro una facciata rock sardonica e parodistica, condita con testi permeati di cinico e sbeffeggiante realismo, anche a costo di essere persegui tato per anni da luoghi comuni e leggende metropolitane.

Assistendo ad un suo concer-to, specialmente dal 1980 in poi, quando l'espressione del suo progetto aveva raggiunto la piena maturità, non poteva lasciare indifferenti la sua "figura", simile ad un burattino nelle movenze, vero mimo, con il naso molto prominente si muoveva tra la musica dir-igendola e raffigurandola, mimica e teatralità erano per-fettamente fuse con musica e scenografia, ne scaturiva lo spettacolo che con l'insieme dei musicisti, sicuramente valenti esecutori - ma non solo - si costituivano parte integrante del pensiero musi-cistico di Zappa in maniera straordinariamente spontanea Tra i numerosissimi aneddoti e vere e proprie "scene" pre-sentate prima, durante e dopo i suoi concerti, di grande im-patto fu l'idea/scena che mise in atto a Pistoia, proprio l'8 luglio 1982: fece installare un megaschermo (all'epoca non se ne vedevano ancora) che proiettava la partita Germania Ovest - Francia dei mondiali di calcio in contemporanea al suo concerto; lui, prima di co-minciare a suonare, disse semplicemente, in pesante slang americano: "Chi non capisce un tubo della musica che faccio può tranquillamente guardarsi le partite... così non ha buttato i soldi del biglietto".

I suoi riferimenti musicali erano Igor Stravinskij, Edgar Varèse, Olivier Messiaen e, prima che fosse di moda la world music, era attratto dal Canto a tenore sardo, dalla musica classica indiana in stile dhrupad, Ravi Shankar, la musica bulgara. Per lui la distinzione tra musica pop e "musica seria" non aveva alcun significato ("All'idea che il compositore crede di aver attinto qualche cosa di artistico corrisponde il fatto che quella musica non offre gran che a chi ascolta. Io ho un altro atteg-giamento: anche se la maggior parte della gente non ama quello che faccio, quelli a cui piace si divertono; non la consumano per-ché è arte, ma perché ci provano gusto" disse in una intervista).
Prima di suonare la chitarra Zappa si cimentò con la batteria, e non a caso i suoi gruppi ebbero sempre batteristi eccellenti.
La ritmica delle sue composizioni è sempre stata molto complessa: un esempio è The Black Page brano scritto appo-sitamente per Terry Bozzio, secondo Zappa l'unico in grado di eseguirlo (a causa della sua estrema complessità ritmica o "densità statistica", rappresentate da una "pagina nera" di note). Il successore (non a caso) di Bozzio, Vinnie Colaiuta, eseguì il brano suonandolo a memoria durante l'audizione.
Zappa dichiarò che concepiva la musica come "decorazione del tempo", una creazione barocca da costruire con le proprie mani, divertente e libera da schemi prestabiliti, basata sull'atonalità e sul ritmo (poliritmie, tempi dispari, addirittura ritmi irrazionali e casuali).
Rappresentativa di questa visione è la fin troppo citata frase

Information is not knowledge / Knowledge is not wisdom / Wisdom is not truth / Truth is not beauty / Beauty is not love / Love is not music / MUSIC IS THE BEST

L'informazione non è conoscenza / La conoscenza non è saggezza / La saggezza non è verità / La verità non è bellezza / La bellezza non è amore / L'amore non è musica / LA MUSICA È IL MEGLIO

in cui Zappa trasforma il senso della poesia Ode su un'urna greca di John Keats integrandola con una poesia di Thomas Stearns Eliot .

Per tutta la carriera fu osses-sionato dalla difficoltà di esecuzio-ne dei suoi brani, chiedendo sempre il massimo ai suoi musicisti, al punto da definirsi "un tizio che scrive musica che non riesce a fare eseguire"; a metà degli anni ottanta la cosa lo spinse ad uti-lizzare il Synclavier per eseguire le sue composizioni in modo assolu-tamente perfetto. Solo a fine carriera si disse abbastanza sod-disfatto dell'esperienza con l'Ensemble Modern.

La sua eredità più facilmente apprezzabile è la sua infinita sperimentazione strumentale, sia dei suoni che della tecnica chitarristica.

Ma il suo lascito più vero e importante sono le sue compo-sizioni, complesse e raffinate. Uno dei maggiori estimatori di Zappa è stato Pierre Boulez che ha anche diretto alcune sue opere ed ha affermato: "Come musicista era una figura eccezionale perché apparte-neva a due mondi: quello della musica pop e quello della musica classica. E non è una posizione comoda".

Come prefazione alla sua autobiografia Zappa scrisse: "In genere un'autobiografia è opera di qualcuno che considera la propria vita fonte di incredibile interesse. Io non lo penso della mia ma sono tali e tanti i volumi stupidi che trattano di me, che ho creduto opportuno ci fosse almeno un libro serio sul mio conto."